ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with High-Throughput Sequencing）是利用高活性轉(zhuǎn)座酶Tn5探究染色質(zhì)可接近性的高通量測(cè)序技術(shù)。具體來說就是利用轉(zhuǎn)座酶Tn5來捕獲全基因組范圍內(nèi)開放性染色質(zhì)，再通過高通量測(cè)序及生物信息學(xué)分析來挖掘相關(guān)基因和順式調(diào)控元件信息，以此探究轉(zhuǎn)錄調(diào)控相關(guān)問題。
※ATAC-seq與RNA-seq、CUT&Tag等多組學(xué)和多技術(shù)聯(lián)合分析，獲取基因表達(dá)與上游調(diào)控元件、轉(zhuǎn)錄因子的關(guān)聯(lián)信息，解析轉(zhuǎn)錄因子靶向調(diào)控變化機(jī)制。
一站式服務(wù)：提供樣品處理、ATAC建庫、測(cè)序和分析的全套服務(wù)。
新鮮或凍存動(dòng)物組織樣本：≥100mg。
技術(shù)流程
實(shí)測(cè)數(shù)據(jù)
經(jīng)典案例
自然殺傷細(xì)胞中全局細(xì)胞因子信號(hào)網(wǎng)絡(luò)的解構(gòu)：
利用信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)因子和轉(zhuǎn)錄激活蛋白（STAT）的細(xì)胞因子信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)對(duì)于自然殺傷（NK）細(xì)胞的最佳抗病毒反應(yīng)至關(guān)重要。采用了ATAC-seq、RNA-seq和ChIP-seq多組學(xué)方法解構(gòu)和重建NK細(xì)胞中多種細(xì)胞因子信號(hào)通路的復(fù)雜互作，發(fā)現(xiàn)促炎細(xì)胞因子和穩(wěn)態(tài)細(xì)胞因子形成協(xié)同軸，共同調(diào)節(jié)整體基因表達(dá)并進(jìn)一步抑制由 I 型干擾素信號(hào)傳導(dǎo)誘導(dǎo)的表達(dá)，這些細(xì)胞因子通過STAT蛋白和集體信號(hào)介導(dǎo)不同的表觀遺傳調(diào)控模式，最佳地概括了全局抗病毒反應(yīng)。
參考文獻(xiàn)：Wiedemann G M, Santosa E K, Grassmann S, et al. Deconvoluting global cytokine signaling networks in natural killer cells[J]. Nature immunology, 2021, 22(5): 627-638.
